Die älteste urkundliche Erwähnung dieser Ortschaft stammt aus dem 12. Jahrhundert.  Der päpstliche Legat Gilo von Paris schrieb in den Dokumenten, dass Szebnie zum Benediktinerkloster Tyniec gehörte. Er weilte damals in Krakau und arbeitete mit Zustimmung des polnischen Königs Bolesław III. Schiefmund.

Diese schöne Kirche erbaut 1605 war nicht die erste in dieser Pfarrei. Die Evangelisierungsgeschichte an diesem Ort begann drei Jahrhunderte früher. Die erste christliche Kirche in Szebnie entstand 1326 – sie ist aber nicht erhalten geblieben, ebenso wie ihre vier Nachfolgerinnen. Alle wurden durch Brände zerstört.

In dieser Region tobten zahlreiche bewaffnete Konflikte. Noch im 17. Jahrhundert wurde das Dorf durch aufeinanderfolgende Invasionen von Tataren, Schweden und Ungarn zerstört. Die Kirche von 1605 wurde beschädigt, hatte jedoch mehr Glück als die anderen.

Das Gebäude wurde zuerst 1759 und dann nochmal 35 Jahre später von den wohlhabenden Eigentümern des Dorfes Szebnie umfassend renoviert. Zu dieser Zeit wurde die Kirche mit einem Messingleuchter ausgestattet, der bis heute bewundert werden kann. Dazu kam ein Gemälde der hl. Teresa und 1820 eine zweite Glocke. Die Pfarrei wurde 1855 vom Bischof von Przemyśl Franciszek Wierzchlejski eingeweiht.

Der danebenstehende gemauerte Glockenturm wurde Ende des 19. Jahrhunderts erbaut, da der alte Turm einsturzgefährdet war. Die umfangreiche Renovierung der gesamten Kirche zu dieser Zeit beeinflusste den gesamten Baukörper. Das Kirchenschiff wurde verlängert, Nebenbauten wurden an ihren Seiten errichtet und ein Chor hinzugefügt.

Die neue polychrome Farbfassung im Innenraum malte 1943 Jan Wodyński. Zwei Jahre später litt die Kirche erneut stark während der Kriegsoperationen des Zweiten Weltkriegs. Dank des Engagements von Priestern und Gläubigen gelang es, sie wieder zu retten. Das Dach und die Altäre wurden renoviert und 1957 schuf Stanisław Szmuc eine neue polychrome Bemalung.  Die letzten größeren Instandhaltungsarbeiten fanden 2012-2013 in der Kirche statt.

Insbesondere bemerkenswert sind die schönen Glasfenster, die wichtige Persönlichkeiten aus der Geschichte der Kirche darstellen. Sie zeigen unter anderem Pater Jerzy Popiełuszko, die Heiligen: Schwester Faustina, Franziskus, Klara, Thomas, Peter, Paul und Bartholomäus. Schließlich gibt es natürlich auch ein Glasfenster, das dem hl. Johannes Paul II. gewidmet ist.