Drewniany kościół Św. Jakuba położony we wsi Probołowice wybudowany został w 1759 roku przez ówczesnego proboszcza – księdza Jacka Kowalskiego. Historia tutejszej parafii sięga jednak jeszcze czasów średniowiecza. Jej istnienie potwierdzają zapiski polskiego historyka i kronikarza Jana Długosza, który w swoich dokumentach potwierdza, że pierwszy drewniany kościółek wzniesiony został w tutaj już w XIII wieku. W tym czasie wieś nosiła nazwę Probolowycze. Pierwszym znanym z kart historii proboszczem tej parafii był Wiesław z Probołowic.

W 1500 roku w Probołowicach wybudowano drugi drewniany kościółek. Świątynie te na przełomie XVI i XVII w. zostały zajęte przez protestantów i zamienione na zbory. Obecny kościół został wybudowany w 1759 r. dzięki dotacjom Magdaleny i Jerzego Zagórskich.
Kościół jest drewniany o konstrukcji zrębowej. Nawa została wzniesiona na rzucie zbliżonym do kwadratu, prezbiterium jest węższe i niższe, zamknięte wielobocznie. Wewnątrz znajdują się trzy ołtarze – główny, w którego centrum znajduje się obraz Jezusa Ukrzyżowanego oraz dwa boczne. Wszystkie utrzymane są w stylu rokoko. W bocznym ołtarzu zawieszony jest słynący łaskami obraz Matki Bożej z Dzieciątkiem Probołowskiej.
Trudny okres dla mieszkańców tych ziem, a także dla kościoła, nastał w początkowym okresie pierwszej wojny światowej (od grudnia 1914 do maja 1915), gdy w okolicach przechodził front austriacko-rosyjski. Na to nałożyła się zaraza tyfusu, która zebrała obfite żniwo. Nabożeństwa przebłagalne, związane z okropnościami I wojny światowej i wspomnianą epidemią przyczyniły się do wzrostu kultu Matki Bożej Probołowskiej, gdyż to właśnie do Niej uciekano się w opiekę.
Drugą wojnę światową kościół przetrwał bez większych szkód. Być może dlatego, że tereny te były położone na uboczu od głównych tras.