Usytuowany na wzniesieniu w centrum wsi zespół kościoła zajmuje wnętrze owalnego, otoczonego kamiennym murem placu. Nazwa wsi pochodzi od występującej tu dobrej jakości wody, w przeciwieństwie do okolicznych miejscowości, gdzie często źródlana woda bywa zasiarczona. Kościół św. Marii Magdaleny został ufundowany przez biskupa krakowskiego Floriana z Mokrska w 1354  r. W latach  1524 – 1525  został przebudowany w stylu późnogotyckim, nadano mu wtedy jego obecny kształt.

Jest to świątynia jednonawowa, z węższym i niższym prezbiterium do którego od strony północnej przylega niewielka zakrystia. Sklepienie prezbiterium jest krzyżowo-żebrowe a sklepienie nawy sieciowe, umieszczono na nim herby szlacheckie Łodzia, Doliwa, Jastrzębiec, Dębno oraz Ślepowron. Do nawy od północy przylega kaplica pw. Matki Boskiej z XVI wieku. Na zachodniej fasadzie kościoła znajduje się okrągła wieżyczka ze stożkowym dachem. Do wnętrza kościoła prowadzi gotycko-renesansowy portal, nad którym umieszczony jest herb Łodzia. Neogotycka kruchta została dobudowana na początku XX wieku. Wewnątrz, w pobliżu kruchty zachowały się fragmenty gotyckiej inskrypcji z XVI w.

Obraz na ołtarzu głównym przedstawia Ukrzyżowanie. Pod amboną znajduje się marmurowa, renesansowa płyta Jana Boboli z 1605 r. (podkomorzy sandomierski, stryj św. Andrzeja Boboli). W filar oddzielający nawę od kaplicy Matki Boskiej wbudowane jest jego popiersie i renesansowe epitafium.

Obok kościoła znajduje się drewniana dzwonnica z XVIII wieku oraz figura św. Jana Nepomucena. Kościół w Dobrowodzie należy do najcenniejszych prowincjonalnych, gotyckich świątyń w północnej Małopolsce.