Zabytkowy cmentarny kościół pw. św. Heleny w Nowym Sączu pochodzi z II poł. XVII wieku. Został ufundowany przez Helenę Marchocką, przełożoną starosądeckiego klasztoru Klarysek. Drewniana świątynia wzniesiona dokładnie w 1686 r. na dawnym przedmieściu Chełmiec Polski, obecnie znajduje się na terenie Nowego Sącza w dzielnicy Helena, na zachodnim brzegu Dunajca. Do 1942 r. było to przedmieście administracyjnie należące do gminy Chełmiec. Prawdopodobne jest, że do budowy kościoła wykorzystano elementy poprzedniej świątyni z 1608 r., która została zniszczona w czasie potopu szwedzkiego.

Kościół jest orientowany, zbudowany w konstrukcji zrębowej ze stromym dachem krytym blachą. Nie posiada wieży – rolę dzwonnicy pełni mała wieżyczka na dachu świątyni. Pod koniec XIX w. budowla została powiększona o przedsionek jednonawowy z węższym prezbiterium, zamkniętym trójbocznie. Wnętrze kościoła nakryte jest płaskim stropem. Całość – zarówno ściany jak i sufit – są oszalowane, czyli pokryte warstwą desek.

W kościele uwagę przyciąga renesansowo-barokowy ołtarz z barokowymi obrazami z II poł. XVII w., przedstawiającymi Matkę Boską Pocieszenia, Zwiastowanie, św. Kingę oraz sceny z życia klarysek z sądeckiego zakonu. Są tam również renesansowe obrazy ze scenami Ukrzyżowania i Zmartwychwstania pochodzące jeszcze z XVI w. (datowane na rok ok. 1580).

W grudniu 1980 r. na terenie nowo powstałej dzielnicy Nowego Sącza o nazwie Helena utworzono parafię św. Heleny. Zabytkowy kościół, który do tej pory służył jako kaplica cmentarna, stał się kościołem parafialnym. W związku z dużą liczbą wiernych, których drewniany kościołek nie był w stanie pomieścić, w 1983 r. na terenie parafii rozpoczęto budowę drugiej świątyni. Po zakończeniu prac i poświęceniu nowego kościoła pw. Krzyża Świętego w 1990 r., przejął on funkcję głównej świątyni na terenie parafii, a kościół pw. św. Heleny został kościołem pomocniczym.