XII-wieczny kościół Św. Jana Chrzciciela w Zagości usytuowany jest w centrum wsi, pośrodku zbliżonego do prostokąta placu, otoczonego kamiennym murem. Jest to cenny przykład architektury romańskiej w Polsce. Jego początki związane są z zakonem joannitów, których na tereny sprowadził książę Henryk Sandomierski, wracając z wyprawy krzyżowej. Około 1166 roku założył dla nich w Zagości klasztor, oraz ufundował szpital. Zachowaną częściowo do dziś świątynię joannici zbudowali prawdopodobnie w latach 60-70 XII wieku. Po 1317 roku klasztor upadł, a po 1321 roku zakonnicy przekazali komandorię biskupstwu włocławskiemu.

Pierwsza wzmianka źródłowa o tutejszej parafii pochodzi z 1335 roku. W XIV wieku kościół został rozbudowany i przebudowany w stylu gotyckim – przedłużono zarówno nawę i prezbiterium, podniesiono strop i podwyższono okna. Fundatorem inwestycji był król Kazimierz Wielki. Jemu świątynia zawdzięcza swój obecny wygląd. W XV wieku do świątyni dobudowano zakrystię. Z kościoła romańskiego zachowały się boczne ściany prezbiterium oraz nawy z bogatym, kamiennym wystrojem. W 1667 roku świątynia została ponownie konsekrowana.
Na początku XX wieku kościół powiększono m.in.: dobudowano do niego kaplicę, kruchtę (przedsionek) i od południa zakrystię, a nawę przedłużono ku zachodowi. Szczególną uwagę zwraca prezbiterium, gotyckie, z wąskimi ostrołukowymi oknami i rzeźbionym orłem piastowskim na zworniku sklepienia. Kościół jest orientowany tj. prezbiterium zwrócone jest ku wschodowi. W latach 60. ubiegłego wieku odkryte zostały przy północnej stronie prezbiterium fragmenty pierwotnego, romańskiego kościoła z wieku XII, m.in. arkadowy fryz z płaskorzeźbami syren.
Kościół w Zagości jest obecnie jedynym śladem, który pozostał po pierwszej fundacji Zakonu Św. Jana na terenie Polski.