Najstarsza wzmianka o tej miejscowości pochodzi z XII wieku. Dokumenty spisane przez urzędnika papieskiego Idziego z Tuskulum wskazują, że Szebnie należą do klasztoru benedyktynów tynieckich. Urzędnik ten przebywał podówczas w Krakowie i pracował za zgodą króla Bolesława Krzywoustego.

Piękna świątynia, którą tu przedstawiamy, została wzniesiona w 1605 roku, jednak nie jest to pierwszy kościół w tej parafii. Historia ewangelizacji w tym miejsce zaczyna się 3 wieku wcześniej. Pierwsza świątynia chrześcijańska w w Szebniach powstała w 1326, jednak nie dotrwała do czasów obecnych, podobnie jak jej cztery następczynie. Wszystkie zniszczyły pożary.

Na ziemiach tych miały miejsce także liczne konflikty zbrojne przetaczające się przez tę okolicę. Sama wieś jeszcze w XVII wieku była niszczona przez kolejne najazdy Tatarów, Szwedów i Węgrów. W ich wyniku ucierpiał kościół z 1605 roku. Miał jednak więcej szczęścia niż poprzednie.

Konstrukcja została odnowiona w 1759, a jej gruntowny remont 35 lat później został wsparty przez majętnych właścicieli wsi Szebnie. Wtedy w kościele pojawił się mosiężny żyrandol, który można podziwiać po dziś dzień. Oprócz tego w świątyni umieszczono obraz św. Teresy, a drugi dzwon zakupiono dla niej w 1820 roku. Poświęcenie parafii miało miejsce w 1855 roku, a w tym celu odwiedził ją sam biskup przemyski Franciszek Wierzchlejski.

Znajdującą się obok murowaną dzwonnicę postawiono pod koniec XIX wieku, ponieważ stara wieża groziła zawaleniem. W tym samym czasie cały kościół przeszedł gruntowny remont, który wpłynął na kształt całej jego bryły. Nawa została przedłużona, po jej bokach stanęły przybudówki, dobudowano prezbiterium.

Nowe polichromie we wnętrzu wykonał Jan Wodyński, w 1943 roku. Dwa lata później świątynia znów bardzo ucierpiała z powodu działań na froncie II wojny światowej. Jednak znów, dzięki zaangażowaniu kapłanów i wiernych, udało się ją ocalić. Wyremontowano dach i ołtarze, a w 1957 powstała nowa polichromia autorstwa Stanisława Szmuca. Ostatni kapitalny remont świątynia przeszła w latach 2012-2013.

W kościele warto koniecznie zwrócić uwagę na piękne witraże, które przedstawiają ważne postaci z historii Kościoła. Można tam znaleźć między innymi księdza Jerzego Popiełuszkę, świętą Siostrę Faustynę, świętych Franciszka, Klary, Tomasza, Piotra, Pawła czy Bartłomieja. Wreszcie oczywiście jest tu także witraż poświęcony św. Janowi Pawłowi II.