Historia tej świątyni rozpoczęła się w miejscowości Łętownia. Tam powstała budynek, który następnie został po kilku wiekach przeniesiony w nowe miejsce, zmodyfikowany i nadano mu nową funkcję oraz rangę. Licząca sobie obecnie niespełna 3 tysiące mieszkańców Łętownia w czasach średniowiecznych znajdowała się na bardzo ważnym szlaku komunikacyjnym. Nazywano go „drogą polską” i prowadził on z terenów Węgier przez Myślenice aż do Krakowa. Była to bezpieczna trasa pośród gęsto zalesionych i górzystych terenów, prowadziła przez przełęcz Spytkowicką, w paśmie Beskidu Orawsko-Podhalańskiego. To przejście pomiędzy grzbietem Łysej Góry (ponoć legendarnego miejsca zlotów czarownic) a bezimiennym szczytem po stronie północnej. Przystępność takiego szlaku z jednej strony gwarantowała rozwój miejscowościom położonym na jego trasie, ale potrafiła być także przekleństwem. „Drogi polskiej” użyli podczas swoich najazdów na ziemie polskie Tatarzy.

Pierwsza prafia z kościołem w Łętowni powstała ok. 1488 r., wcześniej jedyną świątynią w okolicy była husycka kaplica na Glinkach. Kolejny kościół powstał tam w XV wieku. To właśnie ta świątynia zostanie w 1760 przeniesiona do Krzeczowa. W ciągu kolejnych lat do bryły dodano wieżę o konstrukcji słupowej. Jak głosi lokalna tradycja, świątynia została odkupiona od parafii w Łętowni przez dwie miejscowe kobiety, o imionach Jadwiga i Małgorzata, które na co dzień trudniły się szyciem. Interesująca jest także legenda samego procesu przeniesienia budynku. Drewniana świątynia miał zostać rozebrana i przeniesiona o 4 km na nowe miejsce w zaledwie półtora dnia. Stało się tak dzięki pomocy miejscowych chłopów. W nagrodę za pomoc ci, którzy jej udzielili, mieli oni otrzymać od biskupa odpust.

XX wiek przyniósł kolejne zmiany, w latach 1958-1959 przebudowano ścianę ołtarzową i rozszerzono prezbiterium, a w 1958 w Krzeczowie rozbrzmiały nowe organy. Od 1969 r. świątynia jest objęta wpisem w krajowym rejestrze zabytków.

Dziś stojący w Krzeczowie kościół wciąż zachwyca lekkością drewnianej konstrukcji zrębowej i dachem krytym gontem. Do czasów obecnych przetrwały zdobiące go wewnątrz polichromie z XVIII wieku. Centralnym punktem świątyni jest ołtarz główny z XVII wieku i znajdujący się w nim obraz. Przedstawia on Matkę Bożą z Dzieciątkiem, a historycy sztuki datują go na XVI i określają jego styl jako późnogotycki. Przedstawiona na nim postać uznana jest za patronkę Krzeczowa – Matka Boska Krzeczowska. Ołtarz zdobią także dwa skrzydła gotyckiego tryptyku z XVI wieku. Znajdująca się w kościele ambona pochodzi natomiast z okresu baroku. Znawcy zwracają uwagę także na zabytkową chrzcielnicę.