Z powodu epidemii dżumy na początku XVIII wieku mikołajski kościół został zamknięty, a schorowany pastor Kowalewski przeniósł się do wsi Tałty, a następnie do Faszczy. Po wygaśnięciu epidemii wrócił do Mikołajek. Syn pastora, Celestyn zlecił po śmierci ojca w 1725 zawiesić w kościele w Mikołajkach jego portret oraz polsko-niemiecką tablicę nagrobną. Jego zasługą było też nadanie nowego wystroju kościelnemu ołtarzowi oraz przekazanie zegara wieżowego, ofiarowanego i wykonanego przez Albrechta Somasko (Siemaszko) z Woźnic. W 1749 roku spłonęła plebania ewangelicka, którą odbudowano w 1755 roku. W XVIII wieku kościół otrzymał nowe organy wykonane przez organmistrza Ungefunga z Ełku. W 1821 roku spłonęła połowa kościelnej wieży. W latach 30 XVIII wieku ówczesny pastor Skupch postanowił przebudować grożący zawaleniem kościół. Od 1834 ściągano potrójną dziesięcinę kościelną, aby zgromadzić potrzebne na ten cel fundusze. W 1839 roku kościół został zamknięty, a nabożeństwa przeniesiono do stodoły. Stary kościół został rozebrany, a zwłoki, pogrzebane na jego terenie, ekshumowane. Budowę nowej świątyni według projektu Schinkla rozpoczęto w 1841 roku. Kierownikiem budowy był Ferner, cieślą Kalchert z Ełku, natomiast obowiązki mistrza murarskiego pełnił Reich z Węgorzewa, mistrza szklarskiego Casimir, a mistrza stolarskiego Glaubnitz.

We wnętrzu tej klasycystycznej budowli można podziwiać sklepienie kolebkowe z kasetonami, drewniane empory i umieszczone nad wejściem organy autorstwa organmistrza Scherweita z Ełku. Po obu stronach prezbiterium znajdują się dwa cenne portrety miejscowych pastorów – m.in. wspomnianego Andrzeja Kowalewskiego. Ściany świątyni zdobią XVII- i XIX-wieczne obrazy i tablice pamiątkowe. W skarbcu kościoła przechowywany jest zabytkowy kielich mszalny z 1772 roku. Wieża zegarowa została ukończona w 1880 roku. W 1842 roku kościół został poświęcony. 11 listopada zostało odprawione nabożeństwo inauguracyjne przez generalnego superintendenta Sartoriusa w obecności mrągowskiego starosty i miejscowych duchownych. W 1864 roku na 2276 mieszkańców Mikołajek 2204 było ewangelikami. W 1914 roku w kościele powypadały wszystkie szyby w wyniku eksplozji, kiedy to wojska rosyjskie wysadziły w powietrze dwa mosty w mieście. Przed drugą wojną światową zaczęto nocą podświetlać m.in. kościelną wieżę.