Pierwszą świątynię w Miłkach wzniesiono z kamienia polnego i cegły już w drugiej połowie XV wieku. Z 1481 r. pochodzą informacje na temat tamtejszego proboszcza Mikołaja z diecezji gnieźnieńskiej. Budowla ta została spalona w 1656 r. przez Tatarów hetmana Gosiewskiego.
Odbudowę kościoła ukończono w 1669 r. – taka sygnatura widnieje na chorągiewce umieszczonej na kościelnej wieży. Ze starej świątyni zachowały się najprawdopodobniej jedynie kamienne fundamenty oraz ośmioboczne prezbiterium. Przez kolejne dziesięciolecia kościół służył wspólnocie ewangelickiej. Został przejęty przez polskich katolików w 1945 r. W 1962 r. erygowano tu parafię pod wezwaniem Matki Bożej Królowej Polski.
Jest to kościół jednonawowy, orientowany, murowany z cegły i otynkowany. Do korpusu nawowego dostawione zostały: krótki trójboczny chór, wieża po stronie zachodniej, zakrystia od wschodu i kruchta od południa. Całość nakryto dachami dwuspadowymi z dachówki ceramicznej.
Wewnątrz nawy kościelnej znajduje się siedemnastowieczne wyposażenie z okresu odbudowy po najeździe tatarskim. Trójkondygnacyjny ołtarz, nawiązujący stylem do królewieckiego manieryzmu, pochodzi z 1688 r. i został ufundowany przez Fryderyka Wilhelma von Kanitza, który był starostą leckim (giżyckim) w latach 1683-1690.
Po lewej stronie od ołtarza znajduje się ośmioboczna kazalnica z malowidłami przedstawiającymi ewangelistów, natomiast po prawej zlokalizowana jest empora muzyczna z 1698 r., którą ufundował lecki pisarz powiatowy Rafał Waga. W kościele znajdują się także siedemnastowieczne malowidła i okna z witrażami, przedstawiającymi Chrystusa oraz św. Jerzego walczącego ze smokiem. W dole okna po prawej stronie ołtarza znajduje się specyficzny witraż, przedstawiający niemieckich żołnierzy na tle potrzaskanej pociskami artyleryjskimi wieży tego kościoła.