Parafia rzymskokatolicka została erygowana przez króla Władysława Jagiełłę w 1388 roku. Do 1632 roku Haczów był odrębną jednostką parafialną, a opiekę duchową nad kościołem i wiernymi sprawowali proboszczowie. W 1632 roku król Zygmunt III przydzielił parafię haczowską do uposażenia mansjonarzy krośnieńskich. Taki stan trwał do 1802 roku, kiedy to Haczów ponownie stał się odrębną jednostką parafialną z urzędem proboszcza.
Stary kościół w Haczowie, według najnowszych badań, został zbudowany pod koniec XIV wieku z dwustuletnich bali modrzewiowych i jodłowych liczących dzisiaj już około 800 lat. Cieśle nie użyli ani jednego gwoździa, tylko drewniane zatrzaski, bo gwoździe rdzewieją i dają wilgoć. O ogromie budowli mówią liczby: połać spadzistego dachu wysokiego na 11 metrów liczy 2280 metrów kwadratowych, kościół długi jest na 25 metrów, wieża została dobudowana w pierwszej połowie XVII wieku, kaplica Matki Bożej Bolesnej w XVIII wieku, a całą świątynię otaczają soboty. Z przedsionka do nawy głównej prowadzą drzwi dębowe z XVI wieku z cytatami z Biblii Dom mój jest domem modlitwy, a wyście go uczynili jaskinią łotrów i z rysunkami Chrystusa wypędzającego kupców ze świątyni.
W XVII wieku kościół został przebudowany z jednonawowego na trzynawowy (nawy boczne są niższe od nawy głównej) poprzez dobudowanie zaskrzynień na czterech filarach.
Stary kościół służył kultowi religijnemu do 1948 roku, kiedy to przeniesiono nabożeństwa do nowego kościoła. Zabytkowy kościół w czasach komunistycznych został bezprawnie zabrany przez ówczesne władze i poddany „konserwacji” polegającej na wywiezieniu całego wyposażenia do skansenu w Sanoku i innych miejsc. Jeszcze pod koniec lat 70. XX wieku zamierzano w nim urządzić filię skansenu sanockiego – muzeum narzędzi rolniczych. Dowodem tego było choćby zgromadzenie kilku pługów, bron i innych narzędzi rolniczych w bocznej nawie kościoła.
Ruch społeczny „Solidarność”, który narodził się w Polsce w 1980 roku, doprowadził do oddania starego kościoła prawowitemu właścicielowi – parafii rzymskokatolickiej w Haczowie. Dzięki temu stało się możliwe rozpoczęcie prac remontowo-konserwatorskich prowadzonych przez parafię
13 listopada 2000, jubileuszowego roku, stary kościół w Haczowie został po 52 latach przywrócony do kultu religijnego. Uroczystego poświęcenia dokonał JE ks. abp Józef Michalik wraz z JE ks. Stefanem Moskwą.
4 lipca 2003 roku drewniany gotycki kościół w Haczowie został wpisany na Listę Światowego Dziedzictwa Kulturowego UNESCO.
Drewniany kościół w Haczowie jest jednym z najstarszych, największych i najcenniejszych zabytków późnogotyckiego budownictwa drewnianego w Polsce, a nawet i w Europie