L’église historique entourée par un cimetière sous le vocable de de Sainte Hélène de Nowy Sącz vient de la seconde moitié XVII^e siècle. Elle a été financée par Helena Marchocka, Mère supérieure du monastère des Pauvres Dames (Clarisses) à Stary Sącz. Le temple en bois a été érigé exactement en 1686 dans l’ancienne banlieue de Chełmiec Polski, actuellement située à Nowy Sącz dans le quartier Helena, sur la rive ouest du fleuve Dunajec. Jusqu’en 1942, c’était une banlieue administrativement régie par la commune de Chełmiec. Il est probable que l’église ait été construite a partir d’éléments récupérés du temple précédent datant de 1608, détruit lors de l’invasion suédoise. L’église est orientée, de construction en rondins empilés et son toit raide est couvert de tôle. Il n’y a pas de tour – le rôle du clocher est joué par tourelle sur le toit du temple. À la fin du XIX^e siècle, l’édifice est agrandi par un vestibule mononef avec un choeur plus étroit, à chevêt à trois côtés. L’intérieur de l’église est muni d’un plafond plat. L’ensemble – à la fois les murs et le plafond – est bordé, c’est-à-dire recouvert d’une couche de planches.

Dans l’église, l’attention est attirée par un autel de style Renaissance-Baroque avec des portraits de style baroque de la seconde moitié du XVII^e siècle, représentant Notre-Dame de Consolation, Annonciation, Sainte Kinga et des scènes de la vie des Clarisses de l’ordre Nowy Sącz. Il y a aussi des peintures de la Renaissance avec des scènes de la crucifixion et de la résurrection datant du XVI^e siècle (datées vers 1580).

En décembre 1980, dans le quartier nouvellement créé de Nowy Sącz appelé Helena (Hélène en français), la paroisse de Sainte Hélène a été édifiée. L’église historique, qui servait jusqu’à présent de chapelle de cimetière, est devenue une église paroissiale. En raison d’un trop grand nombre de fidèles, que l’église en bois ne pouvait plus accueillir, en 1983 la construction d’un deuxième temple a commencé dans la paroisse. Une fois les travaux terminés et la nouvelle église ait été dédiée à Sainte-Croix en 1990, elle a repris la fonction du temple principal de la paroisse et de l’église de Sainte Hélène est devenue une église auxiliaire.